Deși a fost membru al PCR, Valerian Stan s-a manifestat împotriva regimului, fiind acuzat public de „atitudine dușmănoasă față de conducerea Partidului” de către superiorii din MApN. Din cauza acestei atitudini, a fost transferat din București pe o funcție inferioară, în comuna Mihai Bravu.

În 1990 fost membru în Comitetul de Acțiune pentru Democratizarea Armatei (CADA), din această cauză fiind trecut în rezervă de către regimul Iliescu. A făcut parte din Alianța Civică, fiind pe rând, secretar, vicepreședinte, președinte executiv și președinte al organizației. S-a retras din AC în anul 2000. Din anul 1993 și până în 2004 a activat (și) în cadrul Asociației pentru Apărarea Drepturilor Omului în România-Comitetul Helsinki (APADOR-CH) – a fost director de programe și vicepreședinte al organizației. În perioada aprilie-octombrie 2004, a lucrat ca director de programe în cadrul Fundației Institutul pentru Politici Publice (IPP). Din ianuarie 2005,e membru al Consiliului director al Fundației Centrul de Resurse Juridice (CRJ); între martie 2008-mai 2013 a fost președinte al Consiliului director. Este autor/ co-autor al unor studii, rapoarte și manuale, cele mai multe realizate în cadrul programelor organizațiilor neguvernamentale la care a lucrat, având ca tematică în special drepturile omului și transparența și integritatea administrației publice.

Între 22 decembrie 1996 și 27 august 1997, a fost secretar de stat, șef al Departamentului de Control al Guvernului Ciorbea. În această calitate,  a vizat și un număr de nereguli ale unora dintre demnitarii aparținând coalitiei guvernamentale - înstrăinarea în conditii nelegale a unei parți din patrimoniul flotei maritime (dosarul Flota-Petroklav/ Traian Băsescu și alții), ocuparea ori însușirea abuzivă de locuințe din fondul locativ special al statului (dosarul Vilelor de protocol/ Apartamentul) etc. Faptul acesta a dus, în cele din urmă, la revocarea sa din funcție.

În cursul anilor 2006-2009, la solicitarea conducerii acestuia, a colaborat cu Institutul pentru Investigarea Crimelor Comunismului în România la elaborarea unor proiecte legislative și pentru redactarea de sesizări penale specifice (materialele mai relevante pot fi găsite pe pagina de Documente/ Alte documente). În prima parte a anului 2015 a realizat analiza "<Decomunizarea României>: fantasma unui sfert de veac", care poate fi găsită pe pagina de Documente/ Analize, studii, rapoarte. 

Dupa 1989, a colaborat la mai multe publicații, din țară și exil – România liberă, Alianța Civică, Bursa, Lumea liberă (editată la New York, din noiembrie 2000 până în februarie 2003), New York Magazin (editată de asemenea la New York, februarie 2003-noiembrie 2012), Cotidianul (noiembrie 1998-octombrie 2004; din iunie 2010 până în noiembrie 2012, articolele publicate în New York Magazin au fost preluate de cotidianul.ro). Articolele au vizat cu precădere actualitatea politică și militară, drepturile și libertățile fundamentale ale omului, transparența și integritatea administrației publice, dreptul de proprietate, integrarea euroatlantică a României, „decomunizarea și procesul comunismului” în România30 etc. La România liberă, a colaborat între 1990 și 1998 (din 1999, unii colegi de la Alianța Civică, lideri dintre cei mai importanți, au privit tot mai rău criticile pe care le aduceam președintelui Constantinescu și guvernării CDR în ziarul colegului lor Petre Mihai Băcanu). Începând cu 2005 și până în 2010, odată cu preluarea Cotidianului de către echipa de la Academia Cațavencu (publicație a afaceristului Sorin Ovidiu Vântu), a fost îndepărtat și de la această ultima publicație din țară. Redactor șef la Cotidianul venise Robert Turcescu - care la scurt timp va primi o bursă în Statele Unite, iar în septembrie 2014 avea să se autodenunțe a fi fost agent acoperit în presă (se poate vedea și "Ubi patria, ibi bene?", Publicistică 2005).

Tot după 1989 a efectuat stagii de specializare sau vizite de documentare externe tematice: drepturile omului (Comitetul Helsinki Olandez și Ministerul de Externe Olandez), accesul la informațiile de interes public (Ombudsmanul Suedez), accesul la arhivele poliției politice comuniste (Oficiul German pentru studierea documentelor Stasi Joachim Gauck), dreptul de proprietate (Comitetul pentru Proprietate Privată, Statele Unite).

La data de 9 noiembrie 2010, Majestatea Sa Regele Mihai I al României i-a conferit Decorația Regală „Medalia Regele Mihai I pentru Loialitate". Alte aprecieri asupra activității și atitudinilor sale publice pot fi văzute pe siteul valerianstan.ro,  pagina de Documente/ Alte documente, „Activitatea publică consemnată în presa scrisă” (acest din urmă material are pe de o parte o anumită relevanță biografică iar pe de altă parte poate să faciliteze corelarea informațiilor din diferitele secțiuni ale site-ului).