După un timp, Inochentie, unul dintre slujitorii de seamă ai lui Irod, și-a cumpărat un loc din Muntele Eleonului, și-a făcut o chilie și s-a retras în ea în chip sihăstresc. Zidind lângă chilie o bisericuță de piatră, a găsit capul Sfântului Ioan, însă imediat l-a îngropat la loc. Inochentie a murit luând cu sine această taină.

După aproape 300 de ani, adică în zilele împăratului Constantin cel Mare (306-337), Sfântul Ioan Botezătorul s-a arătat la doi călugări, poruncindu-le să sape locul și să dezgroape cinstitul său cap, aceasta fiind prima aflare a lui. Pe când călugării se întorceau cu capul proorocului într-un sac, s-au întâlnit cu un olar și i-au dat acestuia să ducă sacul.

Pentru această stare de lenevire a celor doi călugări, Sfântul Ioan a îndemnat pe olar să fugă cu sac cu tot. Ajungând în propria casă, olarul a văzut că se învrednicea de multe binefaceri și știind că acest lucru se datorează prezenței capului Sfântului Ioan Botezătorul, a început să îl cinstească împreună cu familia sa.

Simțind că i se apropie sfârșitul, olarul a pus capul proorocului într-o raclă și l-a dăruit surorii sale, sfătuind-o să-l cinstească și să nu-l deschidă până când însuși sfântul îi va porunci. În acest fel, racla a ajuns din mână în mână în grija unui monah pe nume Eustatiu. Acesta trăia într-o peșteră din apropierea orașului Emesa din Siria. Deși monahul Eustatiu era arian, la peștera lui se făceau minuni, datorită sfântului cap. Eustatiu a fost izgonit din peșteră și trimis în exil. În peștera lui au intrat ulterior niște monahi credincioși, care mai târziu au zidit în apropiere o mănăstire.